V roce 1999 nahradil Paula Gilberta jako kytarista mainstreamových rockerů Mr. Big, se kterými nahrál desky Get Over It a Actual Size. Jeho nejslavnějším skladatelským vkladem do Mr. Big v tomto období byla bezesporu píseň Shine, která debutovala na prvním místě v japonské hitparádě. Poté, co se Mr.Big rozešli, vydal Kotzen sólovou desku Change. V roce 2002 založil nahrávací studio a produkční společnost. Od té doby si produkuje sám svoje desky a spolupracuje s hudebními velikány jako je například Gene Simmons z KISS. Je jedním z mála umělců, kteří byli odměněni ne jedním, ale dvěma vlastními modely kytar. V roce 2006 jako sólový interpret otevíral koncerty legendární skupiny The Rolling Stones na jejich turné po Japonsku, rok poté přestal používat trsátko k hraní na kytaru. V roce 2012 pak spoluzaložil rockovou superkapelu The Winery Dogs, se kterou vydal dvě alba.
Neméně zajímavá je však Kotzenova sólová dráha, jejíž diskografie čítá neuvěřitelných jednadvacet alb. Ty se nedržely jen rocku a hard rocku, naopak v nich tento vynikající kytarista ukázal, že mu není cizí ani pop, blues nebo R&B. V letošním roce vyšla kritiky výborně přijatá nahrávka Salting Earth. S tímto počinem Kotzen vyrazil na světové turné, v jehož rámci zavítá i do Prahy. Jeho koncert začne 14. září od 20:00 v Rock Café v Praze.